本科在金門地區成立時間歷史悠久，溯自民國五十八年八月的戰地政務時期。基於地區產業發展需求，於福建省金門高級中學設立養殖科。因師資來源不足之問題，僅辦理一年，於隔年民國五十九年八月全體學生轉入台南水產學校就讀。又因地區民眾的需求，陸續又辦理數次短期訓練班，分別於民國六十三年十二月辦理漁撈班養殖組(八週) ，六十五年一月淺海及淡水養殖班(四週) ，六十六年二月養殖班(四週) 。

                 金門屬島嶼型，四面環海，適合開發水產養殖。本校基於為培育地區水產養殖人才，於民國七十一年七月奉核准設立水產養殖科，負責地區 水產養殖技術人才之培養與研究開發。